Медицинское обеспечение школы ведется на основе договора с БУЗ ВО "Вологодская детская городская поликлиника". В обоих зданиях школы оборудованы прививочные кабинеты, в которых имеется необходимое оборудование: холодильник для лекарств, кушетка, столик со стеклом, шкаф со стеклом, две раковины, облучатель.
Вприемных кабинетах имеются: кушетка, шкафы для хранения документов, столы письменные (2 шт.), кушетка, раковина, столик со стеклом, медицинский комплекс "Здоровый ребенок". В медицинском кабинете создан банк данных по состоянию здоровья всех учащихся школы по данным медосмотров. Согласно календарю прививок все дети получают вакцинацию в течение учебного года.